Eduard Baltzer wurde am 4. Oktober 1814 in Hohenleina in der Nähe von Leipzig als das fünfte Kind einer protestantischen Pfarrfamilie geboren, besuchte ab dem 13. Lebensjahr die Klosterschule Schulpforta, studierte wie sein Vater evangelische Theologie und leitete 1847 die erste Freie Religions-Gemeinschaft in Nordhausen.
1867 gründete er den ersten vegetarischen Verein in Deutschland, den "Verein für natürliche Lebensweise", aus dem bald der "Deutsche Verein für naturgemäße Lebensweise" hervorging. Neben Gustav Struve gehörte er zu den ersten Vertretern des Vegetarismus, der nun in ganz Deutschland verbreitet werden sollte.
In den Jahren 1848/49 nahm er aktiv am Revolutionsgeschehen teil. Nach 1849 wurden allerdings jegliche politische Aktivitäten für den demokratisch-liberal denkenden Baltzer unmöglich.
Das mehrbändige Werk „Natürliche Lebeweise“, das Baltzer in den Jahren 1867 bis 1872 im thüringischen Nordhausen verfasste, kann als Höhepunkt seiner umfassenden schriftstellerischen Tätigkeit gesehen werden. Es gliedert sich in vier Bände: „Weg zu Gesundheit und sozialem Heil“, „Die Reform der Volkswirtschaft“, „Briefe an Prof. Dr. Virchow“, „Vegetarianismus in der Bibel“. Alle Werke sind auch heute noch grundlegend für die vegetarische Bewegung im deutschsprachigen Raum und darüber hinaus.
Baltzer begriff Vegetarismus bereits damals als sehr viel mehr als nur eine Frage der Ernährung. Für ihn war die vegetarische Lebensweise gleichzeitig auch eine Hinwendung zu sozialen, ethischen und ökonomischen Problemen. „Der Tiermord ist aus ethischen Gründen nicht gestattet, das Tier hat sein eigenes Lebensrecht und bedarf des menschlichen Schutzes“.
1881 verließ Baltzer Nordhausen, wo er schweren Herzens sein Amt aufgeben musste. Bei einem Vortrag in Ellrich erlitt er durch einen gewalttätigen Überfall schwere gesundheitliche Schäden, von denen er sich bis zu seinem Lebensende nicht mehr erholte. Er zog zu seiner Tochter nach Grötzingen und später nach Durlach, wo er an den Folgen seiner Verletzungen am 24. Juni 1887 verstarb.
